Федор Ефимович Санников родился 1 марта 1903 года в селе Шимолино Благовещенского района Алтайского края. Образование начальное. Работал в колхозе на разных работах, был бригадиром полеводческой бригады. В 1925-1927 годах проходил срочную службу в Красной армии.
21 августа 1941 года призван Благовещенским райвоенкоматом. В Великой Отечественной войне участвовал с ноября 1941 года на Волховском, Калининском, Северо-Западном, Брянском, 2-м Прибалтийском и 2-м Белорусском фронтах.
Отличился в боях на подступах к городу Орлу в августе 1943 года. Во время налета авиации противника у деревни Олисово, когда весь расчет был выведен из строя, огнем прямой наводки уничтожал наступающего противника. В уличных боях в городе, находясь с орудием в цепи стрелковых подразделений, подавлял огневые точки врага, обеспечивая продвижение вперед.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 4 июня 1944 года Федору Санникову присвоено звание Героя Советского Союза.
В 1946 году демобилизовался в звании младшего лейтенанта, вернулся в родное село. Ушел из жизни 5 октября 1988 года, сообщает официальный сайт Алтайского края.